Située dans le Sud de la France, la ville de Montpellier est au centre de la métropole. « Montpellier Méditerranée Métropole ». Cette métropole est constituée de 31 communes, compte 427 500 habitants en 2011 (dont 264 538 habitants sur la commune de Montpellier), et est encore en phase de développement avec une population qui a triplé en 30 ans (1962-2011). Notons également que les tendances démographiques prévoient un vieillissement de la population, rendant la population plus vulnérable.
Par ailleurs, Montpellier, situé dans le bassin méditerranéen présente un climat typique avec des températures douces l’hiver, un fort ensoleillement et des jours de précipitations peu nombreux. En revanche, les épisodes pluvieux peuvent être diluviens, conduisant à des inondations, généralement entre fin août et décembre mais aussi au printemps. Ces épisodes violents auxquels est soumise la région montpelliéraine sont appelés épisodes méditerranéens ou épisodes cévenols dans le cas particulier où le massif des Cévennes, bloque la progression des masses nuageuses. Les études prenant en compte les changements climatiques ou les changements démographiques s’accordent sur le fait que le bassin méditerranéen constitue un environnement très vulnérable à ces changements, avec un stress hydrique prévisible.
Montpellier est traversé par le Lez, petit fleuve côtier comptant de nombreux affluents.
Les écosystèmes urbains sont peuplés par une forte densité humaine et sont donc, pour l’homme, des lieux majeurs d’exposition aux risques chimiques mais aussi microbiologiques.
Bien que les effluents des réseaux d’assainissement des complexes hospitaliers soient étudiés en particulier en tant que sources de micro-organismes pathogènes et/ou résistants et en matière d’occurrence de gènes de résistance, les zones aquatiques proches de l’homme tels les cours d’eau urbains sont peu explorées. La ville de Montpellier et ses cours d’eaux urbains nous donnent un cadre d’étude de la dynamique des communautés bactériennes résistantes dans des rivières urbaines plus ou moins influencées par l’anthropisation et l’artificialisation de l’hydrosystème. Ces rivières coulent dans un bassin versant limité à proximité d’une zone karstique en amont et de lagunes côtières en aval.
Enfin, la plupart des études portant sur la résistance aux antibiotiques en zone urbaine concernent le traitement des eaux usées en station d’épuration. Les eaux de ruissellement sont moins étudiées du point de vue des communautés résistantes alors que leur proximité et leur accessibilité sont des facteurs importants d’exposition des hommes et des animaux en zone urbaine.
Notre approche de la résistance des communautés n’est pas basée sur une métagénomique globale mais plutôt sur des approches mixtes permettant une caractérisation phénotypique de la résistance des communautés à des fins, essentiellement, de comparaison avec ce qui est observé en médecine humaine. Ces approches originales permettent une évaluation globale du niveau de résistance aux antibiotiques dans les communautés bactériennes sans isolement des partenaires. La détermination de la community-Inhibitory Concentration (c-IC) aux antibiotiques permet secondairement la description de la richesse taxonomique des communautés résistantes. Cette approche a été validée sur les eaux naturelles de la région de Montpellier : dans un lac d’eau douce peu anthropisé (Le Lac du Salagou), dans Le Lez (centre-ville de Montpellier) et dans une lagune côtière d’eau saumâtre (L’Etang de l’Or) nous apportant des informations sur les communautés résistantes dans les eaux de surface, sur le risque infectieux éventuellement associé et sur la vulnérabilité de chaque communauté bactérienne vis-à-vis d’une exposition aux antibiotiques.