Les lagunes côtières du golfe d’Aigues Mortes sont séparées de la mer méditerranée par un fin cordon littoral sableux. A l’interface entre les bassins versants et la mer, elles sont le réceptacle de nombreux cours d’eau urbains et péri-urbains, et communiquent avec la mer par des canaux (graus). Ces lagunes sont peu profondes et composées d’eau saumâtre dont la température et la salinité varient en fonction des saisons, avec de fortes élévations de température en été et des apports d’eau douce variables, en fonction des pluies, en provenance des cours d’eau des bassins versants.
Par ailleurs, ces lagunes languedociennes sont aussi des zones d’importance économique du fait de la production de coquillages. En effet, 15% de la production française d’huitres provient de la lagune de Thau.
La dégradation de la qualité microbiologique de l'eau et donc des coquillages peut entrainer un arrêt de l'activité conchylicole, comme cela a été le cas récemment pour l'étang du Prévost, recevant une quantité importante d’intrants provenant essentiellement du bassin versant Montpelliérain.
Les lagunes, représentant un fort enjeu de biodiversité, sont soumises à très fortes pressions anthropiques (urbanisation rapide, tourisme, pression démographique, conchyliculture,…) et sont particulièrement vulnérables au changement climatique.
Un fond permanent de contamination microbienne fécale a été mis en évidence au niveau des bassins versants et sur le littoral, avec des pics lors de pluies intenses entrainant des crues éclairs (lessivage des sols, by-pass de stations d’épuration, …) et lors de défaillance des réseaux d’assainissement (fuites des réseaux, pannes de pompes de relevage, …). Ainsi, du fait des nombreux apports de contaminants, la classification sanitaire des étangs producteurs de coquillages est B.
Les lagunes sont ainsi des écosystèmes complexes, fortement soumis aux changements climatiques et aux pressions anthropiques, et constituent des zones vulnérables et propices à la diversification génétique des bactéries autochtones ainsi qu’à l’acquisition de gènes de virulence et de résistance aux antibiotiques.